Relativamente ao funcionamento do Separador de Gorduras este baseia-se em processos físicos que vão permitir que a água residual permaneça tempo suficiente no seu interior formando três camadas: as gorduras de menor peso específico, que não se misturam com a água e têm tendência a elevar-se à superfície; os sólidos que sedimentam no fundo do tanque; e no espaço intermédio, forma-se uma camada com água isenta de gorduras e sólidos.

De uma forma genérica, o funcionamento consiste na entrada de efluente na parte superior lateral do depósito o que provoca uma perda de velocidade do efluente permitindo primeiramente uma separação dos sólidos e só depois a remoção das gorduras e óleos orgânicos, que devido a apresentarem um menor peso específico, têm tendência a elevar-se à superfície onde ficam retidos, sendo posteriormente removidos.

O Separador de Gorduras é constituído por um módulo de dois Compartimentos: a câmara de decantação e a câmara de separação Os Separadores de Gorduras possuem ainda um sistema de ventilação que permite a emanação dos maus cheiros para uma zona de rápida dispersão dos mesmos. Este sistema evita a acumulação de odores no interior do equipamento afastando a possibilidade destes se propagarem para o exterior através das vigias. De uma forma genérica, o funcionamento consiste na entrada de efluente na parte superior lateral do depósito o que provoca uma perda de velocidade do efluente permitindo primeiramente uma separação dos sólidos e só depois a remoção das gorduras e óleos orgânicos, que devido a apresentarem um menor peso específico, têm tendência a elevar-se à superfície onde ficam retidos, sendo posteriormente removidos.